- Dipartimento amministrazione generale, pianificazione e patrimonio naturale (DiAG)
- Direzione generale risorse umane e acquisti (RUA)
- Direzione generale innovazione tecnologica e comunicazione (ITC)
- Direzione generale attività europea ed internazionale (AEI)
- Direzione generale patrimonio naturalistico e mare (PNM)
- Dipartimento sviluppo sostenibile (DiSS)
- Direzione generale economia circolare (EC)
- Direzione generale uso sostenibile del suolo e delle risorse idriche (USSRI)
- Direzione generale valutazioni ambientali (VA)
- Dipartimento energia (DiE)
- Direzione generale infrastrutture e sicurezza (IS)
- Direzione generale competitività ed efficienza energetica (CEE)
- Direzione generale incentivi energia (IE)
- Unità di Missione per il PNRR
- Direzione generale Gestione finanziaria, monitoraggio, rendicontazione e controllo
- Direzione generale Coordinamento, gestione progetti e supporto tecnico