Il Comando Carabinieri per la Tutela dell'Ambiente è attualmente organizzato in:

- una struttura centrale a Roma articolata su un ufficio Comando

- un Reparto Operativo ed una Sezione Analisi (con un Nucleo Analisi ed una Sala Situazione)

- una struttura periferica composta da 29 Nuclei Operativi Ecologici dipendenti da 3 Gruppi a competenza areale (Nord - Centro - Sud)

La componente specialistica, costituita dal Reparto Operativo con competenza su tutto il territorio nazionale, ha alle proprie dipendenze:

- la Sezione Operativa Centrale che ha compiti essenzialmente investigativi

- in indagini complesse sull’intero territorio nazionale, riguardanti espressioni di criminalità ambientale particolarmente ampie o con risvolti internazionali;

- una Sezione Inquinamento da Sostanze Radioattive orientata al contrasto di traffici illeciti di rifiuti e materiali radioattivi e dotata di complessi laboratori mobili di rilevamento

- una Sezione Inquinamento Atmosferico e Industrie a Rischio di Incidente Rilevante adibita al controllo di industrie sottoposte a speciale normativa

L’attività informativa è, invece, delegata alla Sezione Analisi che ha compiti di gestione di flussi informativi, monitoraggio e valutazioni previsionali sulla sicurezza dell’ambiente, indispensabili per ottimizzare l’impiego delle risorse, pianificare e coordinare l’attività di controllo, definire le linee strategiche su cui far evolvere l’attività di contrasto all’illegalità ambientale.