Durante l'analisi dei siti proposti dagli Stati membri la Commissione può individuare, per ogni regione biogeografica, habitat o specie non sufficientemente coperti dalla rete Natura 2000 di alcuni paesi o che necessitano di ulteriori indagini; avvia quindi una consultazione con lo Stato interessato, che è chiamato ad adottare le misure adeguate a colmare la lacuna individuata.

Le riserve restanti anche dopo i processi di consultazione venivano in un primo tempo pubblicate negli Allegati alle Decisioni della Commissione con l'adozione delle liste dei SIC. Ora vengono aggiornate separatamente alle liste.

Le riserve sono di due tipi:

• habitat o specie non sufficientemente coperti dalla rete, per i quali è necessaria la designazione di altri siti;
• habitat o specie per i quali non è certo se sia necessaria la designazione di altri siti. In questa categoria rientrano gli habitat e specie con riserva scientifica, ovvero che richiedono ulteriori approfondimenti.